TCT检查和HPV检查是两种不同的检查手段，二者存在着根本的区别：
第一、检查的方法和代表的意义不同。宫颈TCT检查主要是取宫颈鳞柱状上皮交界处脱落的细胞来进行检查，通过细胞学检查来判断取材有没有发生宫颈上皮内瘤变，或者宫颈癌症的可能性。HPV主要是取分泌物进行检查，观察患者的宫颈和阴道局部有没有HPV病毒的感染，其不能反映患者宫颈或者阴道局部有没有病变。
第二、临床指导意义不同。TCT检查取材非常有限，只能代表患者宫颈鳞柱状上皮交界处有没有病变，如果取材不够，可能只能代表所取到的标本有没有病变，代表不了患者整个宫颈鳞柱状交接处的情况。HPV病毒感染能够代表患者整个宫颈和阴道局部有没有病毒感染，所以在临床当中HPV感染的指导意义要比单纯的TCT检查意义更大。