通常以下情况会使用抗生素进行治疗：
1、细菌感染：比如革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、厌氧菌，无论引起哪个部位的细菌感染，通常都需要应用抗生素进行治疗，抗生素的选择需要结合感染部位及感染场所而定，选用抗生素通常是经验性治疗。但较复杂的需要进行细菌培养，根据细菌药敏结果选择抗生素治疗。
2、非典型病原菌感染：比如支原体、衣原体、立克次氏体、螺旋体，以及小螺杆菌等非典型病原感染后，也需要应用抗生素。针对支原体和衣原体，通常选择大环内酯类药物，比如阿奇霉素片、克拉霉素片、罗红霉素片，也可以选择氟喹诺酮类药物，比如盐酸左氧氟沙星片、盐酸莫西沙星片，还可以选择四环素类药物，比如盐酸多西环素片、盐酸米诺环素片。对于立克次氏体感染，一般首选四环素类药物，螺旋体感染可以选择青霉素、四环素类药物进行治疗。而对于军团菌感染，一般应用大环内酯类、四环素类，或盐酸左氧氟沙星片、盐酸莫西沙星片类药物进行治疗。
临床应用抗生素时，通常有适应症才会应用。如果没有适应症，则不需要应用抗生素，应严格禁止使用抗生素，尤其在家里不能随便自行选择抗生素治疗，需要在医生医嘱下应用。