肾积水的主要治疗，第一个就是去除肾积水的病因，保留患肾，例如梗阻尚未引起严重的不可恢复的病变，在起除病因以后，即可获得良好的效果。手术的方法取决于病因的性质，例如先天性的肾盂输尿管连接部的狭窄，可以做肾盂成形术，肾、输尿管结石可以行碎石术或取石术。第二个是肾造瘘术，若情况危急和肾积水病因不能去除时，应该在梗阻以上先行引流。待感染控制以后再试行去除病因的手术。如果梗阻不能解除，则肾造瘘可以作为永久性的治疗措施。第三个是肾切除术，肾积水严重，剩余的肾实质过少，或伴有严重的感染时可以切除病肾。