软骨瘤如果是恶性的，就要按恶性肿瘤来进行处理，在恶性的软骨瘤早期阶段，如果没有周围淋巴结的转移，也没有远处器官转移，这个时候最好的治疗手段是进行根治性的手术切除，而在手术切除之后，根据病理回报的结果，可以选用术后的辅助化疗或者术后的辅助放疗，通过这些综合的治疗手段，来清除体内可能的残余恶性肿瘤细胞。
如果恶性的软骨瘤在发现的时候就已经处于比较晚期的阶段，伴有周围淋巴结的转移或者伴有远处器官转移，往往已经失去了根治性手术切除的机会，这个时候就只能采用化疗等相应的全身治疗手段来进行处理。