目前小脑扁桃体下疝手术的技术在不断进步，手术效果也在明显提升，多数患者在接受手术之后效果较好，不会遗留明显的后遗症。部分患者在术后短时间之内容易出现明显的头痛、头昏、恶心、呕吐伴有一定程度的眩晕感，尤其当体位改变的时候眩晕感尤为明显，这与在手术操作过程中对小脑扁桃体下疝进行适当切除有一定关系。另外部分患者在手术后可能会出现局部血管痉挛和组织水肿、缺血等并发症，往往症状较为轻微，一段时间后患者的不适感会逐渐减退甚至消失。