医院获得性感染最常见的致病菌有以下两大类：
第一、革兰氏阴性杆菌：是院内获得最多的一类细菌，其中比较多见的有大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌、变形杆菌、阴沟肠杆菌、嗜麦芽窄食单胞菌、鲍曼不动杆菌、洋葱伯克霍尔德菌等。
第二、革兰氏阳性球菌：包括耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌，也称为MRSA，还有表皮葡萄球菌、肠球菌，其中包括屎肠球菌和粪肠球菌。
对于医院获得性感染，不同的病房，感染的细菌种类也有所区别。在普通病房中比较多见的有大肠杆菌、肺炎克雷伯菌、铜绿假单胞菌以及耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA)。重症监护病房多数是多重耐药菌，比较常见有耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌、多重耐药的铜绿假单胞菌，以及多重耐药的鲍曼不动杆菌、洋葱伯克霍尔德菌，这些细菌感染之后治疗的难度加大。