同房以后三天小肚子疼痛，不是怀孕的必然表现，一般怀孕也不会有类似的情况，更多的需要考虑是不是有泌尿系统和妇科相关感染，具体如下：
1、感染：建议暂时禁欲，并且去泌尿外科或者妇产科门诊检查尿液分析、泌尿系彩超、妇科彩超、阴道分泌物等。
2、妊娠：建议定期监测血尿HCG，尤其是存在没有安全措施的性行为时，如果怀孕，一般在两周或者在一个月左右可以有HCG的升高。
根据检查结果，适当的选择方案治疗，比如泌尿系感染，可能需要对症予以抗感染治疗，同时多喝水，若对于一般的抗生素治疗无效，必要时还需进行相关分泌物的细菌培养和药敏试验。