肾结石、肾囊肿是两个独立的疾病，但是一些肾盂旁囊肿由于位置关系会压迫肾盂输尿管交界，这个部位导致尿液排入输尿管有困难，进而容易发生肾脏结石。对于有小结石、小囊肿的患者，可以通过多喝水、多跳就可以。
当结石直径达到1cm时结石很难排出去，需要通过微创手术包括输尿管软镜碎石术或者经皮肾镜碎石取石术进行碎石。如果结石形成与囊肿有关，手术也要把囊肿一起去掉，减少结石复发的机会，一般4cm以上应该要切除。