儿童扁桃体肥大的治疗，如果儿童扁桃体肥大在Ⅲ度以上，出现睡觉打鼾、憋气，同时影响进食、说话不清楚，在这种情况下经过药物治疗没有得到明显的缓解，需要行扁桃体的切除手术。如果扁桃体肥大，每年扁桃体发炎超过4-5次，也建议行扁桃体的切除手术。
儿童扁桃体肥大由于扁桃体反复发炎，可以造成机体的抵抗力下降，由于扁桃体肥大也可以引起睡眠打鼾、憋气、缺氧，长期睡眠缺氧，可以引起儿童发育下降，影响发育。