在临床上，治疗神经衰弱的药物主要是抗抑郁和抗焦虑的药物，可以使肌肉放松，消除一些躯体的不适感。抗抑郁的药物主要包括5-羟色胺再摄取抑制剂，例如帕罗西汀、氟西汀、艾司西酞普兰，这些药物主要通过阻断了突触前膜对5-羟色胺的再次摄入，从而延长这种物质的作用，产生抗抑郁的作用，也可以刺激神经元的功能，从而缓解神经衰弱。
抗焦虑药包括苯二氮卓类，具体药物有劳拉西泮，主要可以通过缓解焦虑或者紧张的情绪，从而改善神经衰弱。同时患者也需要服用一些营养神经的药物，例如甲钴胺、维生素B，这些药物可以保护和营养神经元组织，同时可以修复受损的神经元。