新生儿低血糖症实际上是一种症状而不是一种原发病，新生儿低血糖症与哪些疾病鉴别，主要是和引起新生儿低血糖症的原发病要进行鉴别。
最常见的是早产儿或者是小于胎龄儿，由于糖的储存量相对比较少，它的消耗相对比较多，能量需求比较多，所以出生以后容易发生低血糖。
另外新生儿期一些耗糖过多的疾病，如一些重症感染、窒息，呼吸窘迫、低体温、缺氧等这些都可以引起新生儿代谢率的增加。
在新生儿期容易发生低血糖，其他少见的有高胰岛素血症，有暂时性和永久性的，大部分都是暂时性的，常见于母亲患糖尿病的婴儿，如果妈妈的血糖比较高，新生儿出生以后可以表现为暂时性的高乳糖血症，可以发生低血糖。
还有一些代谢性疾病如新生儿半乳糖血症等相关的代谢性疾病，都会引起新生儿的低血糖。