半乳糖不耐受一般可以表现为腹泻、腹胀、腹痛，以及肠鸣音亢进、恶心、呕吐、肛门排气增多等症状。婴幼儿一般以腹泻为主，典型的粪便为黄色的稀糊状大便，或者是蛋花水样便，可含有泡沫夹有不消化的奶瓣，有酸臭味。
肠道肛门排气多，常有排气、排尿的时候带出少量的粪便在尿布上。部分患儿可以因为腹胀、肠绞痛而哭闹不安，难以安慰，一般在排便、排气之后可以暂时缓解。少数患儿同时还可以有呕吐，年长儿大多以腹部不适、腹胀为主要症状。