在自然乙肝病毒感染人的病程中，大三阳变成小三阳的情况，是身体开始免疫清除，免疫清除如果比较有效，血液循环中的乙肝病毒DNA定量会明显的下降，这时会伴随着乙肝E抗原的转阴，同时会出现乙肝E抗体的转阳，就是从大三阳向小三阳转化的过程。但这个过程会伴随着明显肝损害，抽血化验肝功能可见到谷丙转氨酶、谷草转氨酶等指标出现明显的增高。如果增高不怎么明显的过程，肝损害后变成小三阳，患者有可能是一个完整的肝脏形态。但如果炎症反应比较重，或持续的时间比较长，肝脏也有可能已经进展到肝纤维化或肝硬化的情况。如果在自然的条件下，大三阳变成小三阳，并不是特别值得高兴的事情，因为会伴随着肝脏向肝硬化的方向进展。