肝移植后三个月内的排异较强，一般可分为超急性排斥反应、急性排斥反应以及慢性排斥反应。
超急性排斥反应一般发生于手术血管接通后的数分钟以及二十四小时以内，较罕见会出现急性坏死性的血管炎表现，从而导致移植物的功能失效。而急性排斥反应一般发生在术后一周以及三个月以内，此时一定要注意，因为发生的概率较高，且一般有相应的诱因如依从性较差、自行减量或停用抗排斥的药物，以及乙肝或肿瘤等原发病复发，包括饮食不注意、酗酒等。如果出现相关的异常如发热、肝肿大、黄疸以及肝功能异常等，需要及时的复查、治疗。
肝移植术可能出现血栓、胆漏、胆道梗阻等并发症，应及早注意防治。肝移植术后由于大量使用免疫抑制剂，干扰正常免疫应答，可能会使机体抗感染能力下降，应该引起注意。