女性在药物流产后干净了，但是又有咖啡色分泌物，具体情况如下：
一、可能是虽然药物流产后妊娠囊已经排干净，但是有少部分剥脱的子宫内膜没有及时的排泄出来，也会出现有断续的咖啡色的分泌物。
二、当女性在药物流产后没有得到很好的休息，发生劳累或者受凉的情况，影响了子宫的收缩，也会出现有宫腔内少部分内容物的排出。
三、有可能是女性存在着有慢性宫颈炎症的情况，从而导致的宫颈渗出物的排出，也会出现咖啡色的分泌物。
因此，当女性出现有咖啡色分泌物的时候，最好去医院做妇科B超和妇科查体，根据不同部位引起的原因而采用消炎和止血药物治疗。