严重肝病时，氨清除不足的主要原因如下：
1、内源性的因素：严重肝病时，氨清除不足会导致尿素的合成障碍。尿素的合成主要是在肝脏进行，如果肝脏的功能明显异常，合成就会出现障碍，体内的氨主要是蛋白质，在体内分解成氨基酸，逐渐分解产生的氨，这是内源性的因素。
2、外源性的因素：肠道吸收来的氨，过量的氨进入体内，具有细胞毒性神经毒性，会导致出现肝性脑病昏迷。氨的解毒是通过血液系统运送到肝脏，然后在肝脏合成尿素，再随着尿液排出。如果有严重的肝病时，肝脏的合成功能下降，就没有办法合成尿素，就会导致血氨的水平明显上升，就容易导致肝性脑病昏迷。