肺炎克雷伯菌肺炎首选的抗生素为β-内酰胺类，包括青霉素类抗生素，如阿莫西林钠舒巴坦钠、哌拉西林钠他唑巴坦等，或者头孢菌素类，如头孢唑肟、头孢呋辛、头孢米诺等药物。此外，还可以选用喹诺酮类药物，如左氧氟沙星或氨基糖苷类药物联合β-内酰胺类药物治疗，氨基糖苷类包括阿米卡星等药物。
有一部分肺炎克雷伯菌属于耐药菌群，需要做痰培养及药敏试验，根据药敏的实验结果，选择敏感的抗生素治疗。耐药的肺炎克雷伯菌可选择碳青霉烯类药物，如亚胺培南、美罗培南等药物治疗。