扁桃体炎和咽喉炎的主要区别在于，发生炎症的具体部位有一定的差异。扁桃体炎的患者主要会出现一侧，或者两侧扁桃体的急性充血、肿胀，还可能进一步发生扁桃体的化脓性感染情况，在扁桃体表面会出现散在分布，甚至连成一片的脓性分泌物的情况。
咽喉炎的患者发生炎症的具体部位主要在咽喉部的黏膜，咽喉部黏膜会出现急性充血、肿胀的状态，甚至会有软腭的急性水肿状态，声带黏膜也可能出现一定程度的炎症、水肿状态，导致明显的咽喉部疼痛症状。同时，也可能引起不同程度的声音嘶哑症状。由于扁桃体和咽喉部黏膜相互邻近，发生炎症状况时，也会产生相互的影响。