引起牙周脓肿的病原菌有很多，牙周脓肿是一种以厌氧菌为主的混合感染，常见的包括需氧或者是兼性的厌氧菌，比如革兰氏阳性的丝状菌和口腔链球菌。
还有革兰氏阴性或者是专性的厌氧菌，一般在牙龈沟或者牙周袋内比较深的部位。还有兼性的或者是专性的厌氧菌，比如月形单胞菌、螺旋体、弯曲杆菌、弧菌、二氧化碳嗜纤维菌，这些细菌都存在于牙龈沟内，和形成牙石有关。
还有包括类杆菌、梭杆菌、双歧杆菌、消化球菌、消化链球菌和韦永菌等，还有厌氧弧菌、弧状的腐蚀菌、厌氧链球菌。还有一些未能鉴定的厌氧菌，这些细菌都可以引起牙周的感染，如果未被机体控制，就形成了牙周脓肿。