正常情况下肠镜是要比胃镜更为难受的，因为接受胃镜检查前，受检者只需保持空腹状况即可进行相关检查。并且随着医疗技术发展，胃镜检查前可通过局部麻醉的方式，减轻或避免受检者在检查过程中产生的不适症状反应。但是对于肠镜检查，受检者需要在检查前服用轻泻药剂，如硫酸镁、甘露醇等。并且还需大量饮水，直到排泄物呈现清水状态，以更好观察肠道内部组织的情况。
肠镜检查的过程中，除了会出现有明显排便感以及异物感以外，部分患者甚至会出现有腹胀、腹疼等不良症状反应。另外由于肠道组织结构更为复杂多样，所以在检查时长上肠镜相比于胃镜要适度延长。