卵巢囊肿的治疗方法是以手术治疗为主，卵巢囊肿分为良性卵巢囊肿和恶性卵巢囊肿。
良性卵巢囊肿的手术方法包括卵巢囊肿切除法和输卵管卵巢切除法，恶性卵巢囊肿的手术方法，多采用卷地毯式将子宫与肿瘤连同盆腹膜整块切除。
确诊为卵巢囊肿以后，建议先进行病理检测，根据病理检测的结果，来确定卵巢囊肿的手术方式。
如果是良性卵巢囊肿单纯的手术切除即可，如果是恶性的两条囊肿，除了进行手术切除之外，还建议在腹腔内留植导管以便术后方便化疗药物注入，配合局部化疗的方式进行治疗。
卵巢囊肿切除手术后，建议常规的进行抗感染类的治疗，以免术后出现粘连的情况。