肛瘘外口闭合，如果没有肿胀、疼痛的症状，外口不需要弄破。如果有肿胀、疼痛，有触及波动感的症状，外口可以弄破，让脓液排出，保持引流通畅，缓解症状。
肛瘘有间歇期和发作期，间歇期完全没有症状，这时可以不用药物治疗。发作期出现流脓、红肿、疼痛等症状，如果不能马上手术，也可以采取抗生素抗感染治疗，暂时缓解症状。肛周脓肿手术后超过三个月以后，如果明确形成肛瘘瘘管，而且肛瘘反复发作，最佳的治疗方法就是手术。
肛瘘的手术方式有很多，具体手术方式要根据患者具体病情决定，根据肛瘘的复杂程度决定。单纯切开术、肛瘘切除术可以治疗简单性肛瘘，直肠内推移皮瓣技术、括约肌间瘘管结扎术，可用于治疗复杂性肛瘘。高位肛瘘需要做高位挂线、低位切开引流术。