巧克力囊肿，是子宫内膜的间质、腺体异位到卵巢而形成的。正常情况下，子宫内膜在雌、孕激素周期性变化的作用下，出现增生、剥脱、出血。剥脱的子宫内膜和血液，通过宫腔和宫颈排出体外。但是，异位到卵巢的子宫内膜间质和腺体，虽然也可以出现周期性的增生、剥脱、出血，但是，剥脱的子宫内膜和血液不能排出体外，而是在局部不断的堆积，所以，包块会逐渐的增大，形成巧克力囊肿。巧克力囊肿会破坏患者的卵巢功能，同时会影响到卵巢排卵，引起盆腔的粘连等，容易引起患者出现排卵的异常、腹痛，导致患者出现不孕、习惯性的流产等，需要进行积极的治疗。