腘窝囊肿有两种手术方式，一种是通过关节镜在关节腔内将与腘窝囊肿交通的关节囊部分打开，形成内引流，这样术后囊肿就会逐渐的消失，这种手术之后局部伤口愈合都不会有问题，术后第二天就可以下地。
另一种手术方式是在膝关节后方腘窝部位做横行的切口，找到囊肿之后完整切除，然后再对关节囊进行缝合、关闭关节腔与囊肿的交通。
术后又由于伤口比较大，常常需要进行换药预防伤口感染，开始的一周之内走路是受影响的，伤口容易受到牵扯，伤口如果过度牵扯容易出现不愈合、渗液甚至感染。
如果是开放手术，术后一般一周之内可以下地少量活动，两周以上拆完线之后可以恢复日常走路。