临床上还没有特别有效的治疗灰指甲的药膏，因为药膏很难渗透至甲板，从而杀灭真菌，起到治疗的作用。
一些甲涂剂可以渗透至甲板，对灰指甲的治疗有一定的作用，像阿莫罗芬甲涂剂或者是环吡酮胺甲涂剂，但也仅适用于治疗一些轻症的灰指甲，比如仅有指甲远端轻度受累的情况，或者是个别指甲有灰指甲的情况。如果是指甲严重损毁，像整个指甲增厚变形或者是多个指甲受累的情况，还是需要系统口服抗真菌药物治疗，常用的药物，如特比萘芬或者是伊曲康唑，一般服用数月可以治愈。