长期服用恩替卡韦副作用比较少，少见的副反应可见腹泻、消化不良、恶心、呕吐、乏力、头痛、头晕、嗜睡、失眠等症状。恩替卡韦是一种抑制乙型肝炎病毒复制的抗病毒药物，在艾滋病和乙型肝炎病毒合并感染的患者当中，如果未接受高效抗逆转录病毒治疗，不建议使用恩替卡韦，有导致病毒耐药的风险，建议应用恩替卡韦抗病毒治疗之前，都需要进行HIV抗体检测。
恩替卡韦单独或者与其他的抗逆转录病毒药物联合使用时，可能导致乳酸中毒和重度脂肪性肝肿大，因此在使用时应该提高警惕。恩替卡韦主要经肾脏清除，因此如合用可降低肾功能，或者是与本品竞争肾小管分泌的药物时，可能使药物血中的浓度升高。需要特别注意恩替卡韦属于核苷类抗病毒药物，应用恩替卡韦抗病毒治疗的目的在于长期、持久的抑制病毒的复制，在用药期间要规律用药，不能擅自停药，以免发生耐药。