甲硝唑可以用来治疗厌氧菌的感染和一些寄生虫的感染，这些厌氧菌的感染可以发生在身体的多个部位，比如说可以发生在肺部，表现为肺脓肿、肺炎；也可以发生在腹部，表现为腹腔感染、腹膜炎、肝脓肿、胆囊炎、胆管炎。
也可以发生在生殖系统和盆腔，表现为女性的盆腔炎；也可以发生在泌尿系统，表现为尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎；也可以发生在骨头和关节，表现为骨髓炎、关节炎；也可以发生在皮肤和软组织，表现为脓肿、蜂窝织炎；也可以发生在心内膜炎。
而在抗寄生虫的方面，甲硝唑可以用来治疗阿米巴的感染，比如说阿米巴的痢疾、阿米巴的肝脓肿；也可以用来治疗其他一些寄生虫，比如说毛滴虫它所导致的阴道滴虫病，也可以来治疗多是利什曼原虫导致的利什曼病以及其他一些寄生虫感染。