巧克力囊肿在怀孕后不一定会消失，但是一般也不会继续增大。巧克力囊肿一般是由于子宫内膜异位症而引起，每次女性在来月经的时候，子宫内膜会脱落。若是有经血逆流，子宫内膜种植在卵巢而逐渐就会形成巧克力囊肿，其实也就是女性来月经的时候，月经不能顺利排出去造成。所以，女性在怀孕以后，已经形成的巧克力囊肿通常不会消失。
但是由于女性在怀孕期间没有月经，没有子宫内膜脱落出血的现象，所以巧克力囊肿通常不会继续增大。但要注意在怀孕期间定时复查，做好产检工作。女性顺利生产完之后，可根据巧克力囊肿具体情况和患者身体状况，采用药物治疗或者手术切除治疗。