灌肠两个月治疗肛窦炎，早期应用抗菌药物治疗以消除炎症，后期可以应用中药治疗，以巩固疗效。早期可以应用对大肠杆菌及混合菌感染有效的抗菌药物，如甲硝唑注射液或者奥硝唑注射液，也可进行保留灌肠，可以同时应用红花注射液，加入5%的葡萄糖注射液内行保留灌肠，经过治疗一周左右炎症会消退，坠胀、不适、疼痛等感觉消失，肛周溢液消失。
也可以应用中药保留灌肠，巩固疗效，可以应用双花、连翘、玄参、黄芩、麦冬、地榆炭、当归、甘草等水煎后应用。在治疗过程当中饮食避免辛辣，避免饮酒，同时要避免久坐，患者每日可进行提肛锻炼150次，以改善局部血液循环，促进炎症消退。