米索前列醇在临床上塞入阴道的作用，主要是促进子宫收缩及软化宫颈。在临床上怀孕如果八周以上，头臀径大于2cm的情况下，在门诊没有办法做人工流产手术，只能用药物流产加上无痛清宫的方法，用米索前列醇塞入阴道中，在24小时以后出现宫颈软化、下腹部疼痛，并且随着宫颈的扩张排除妊娠产物。
在临床上也用于绝经以后女性的取环，因为女性绝经以后子宫会萎缩，宫颈会变得比较坚硬，往往先塞入米索前列醇使宫颈软化，然后再来医院给予取环就更顺利一些。