肝囊肿大于五厘米可以考虑进行相应的治疗，治疗的方式可以选择穿刺或者手术治疗。穿刺可以将肝囊肿的囊液穿出，让肝囊肿缩小，以达到治疗的目的。而手术可以将囊肿行去顶开窗处理，能够有效地治愈肝囊肿，因此穿刺和外科手术都是可以选择的方案。
针对囊肿合并出血、感染、胆瘘等情况时，建议行外科手术治疗。因为这类的情况需要进一步的处理，单纯的穿刺无法解决相应问题，患者还会继续出现囊肿的相应症状。手术包含开窗、肝切除、囊肿次全切除，一般可以选择腹腔镜的微创手术来进行治疗，但针对一些复杂的肝囊肿，还是建议行开腹手术，以达到根治的目的。