肛门长小疙瘩有点疼，见于两种情况：第一、外痔，可能处于发病期，外痔是痔疮的一种，指的是肛门周围曲张的静脉团，当静脉发生血栓伴有静脉炎时就会有肿胀、疼痛或者大便带血，好发于平时运动少、久坐、有便秘习惯或者肛门周围没有保持好卫生的人。一旦发生要避免久坐注意运动，睡前用温水或者含有高锰酸钾的温水坐浴，可以局部用栓剂控制疾病发展。第二、见于肛周皮肤的毛囊炎或者肛周的皮肤脓肿，肛周小疙瘩会有波动感，小疙瘩可能会逐渐增大，周围皮肤有红肿，有时可能见到疙瘩破溃后会流出脓性物质，需要口服抗生素或者局部应用抗生素控制感染。