刚出生的新生儿用抗生素是否有相关的副作用，主要看选择的抗生素种类，一般初生的新生儿，如果使用抗生素，主要是因为感染来自宫内，所以和母体有密切的关系。常见的来自宫内感染一些菌，如GBS感染，对青霉素类比较敏感，所以常规会选择青霉素或者是氨苄青霉素类药物，这一类的抗生素对新生儿的副作用相对来说都比较小。本身新生儿选用抗生素的种类以及范围都比较少，在选用的过程中，主要是考虑到治疗的相关副作用，所以大部分都采用β-内酰胺类药物，也就是青霉素类和头孢类的抗生素，其副作用相对会小一些。
如果刚出生的新生儿发生了重症感染，尤其是发生脓毒症休克，而且确定是细菌感染，此时可能要选择强有力的抗生素，如选择美罗培南，或者是万古霉素等。这些抗生素的副作用相对来说比较大，所以要在监测血药浓度的情况下，尤其是针对万古霉素，这样才能有效的使用，因为这些药物有肾毒性和肝毒性。大部分新生儿选择抗生素都比较单一，也比较简单，相对副作用比较少，影响比较小，对新生儿产生的影响主要在本身原发病方面，如重症感染等，对新生儿的影响就比较大。