微血管减压术的费用与手术复杂程度，地区消费水平，患者本身并发症以及术后康复辅助治疗的时间有关，微血管减压术属于医保报销范围内手术，所以不同的医保报销范围有所不同，具体分为以下几种情况。
第一、术前检查无明显禁忌症，并且不需要特殊处理，术后正常康复治疗，手术一次性顺利完成无特殊附带手术，医保报销之前费用在30000-40000元左右。
第二、术前检查有多项检查需要进一步治疗的情况，费用更高，检查在5000元左右，如果多项需要复查，可能检查费用会增加到10000元左右。
第三、术中或者术后出现并发症，比如脑出血等，需要进一步治疗费用，根据具体情况另行计算。
第四、社保报销比例与社保种类和医院级别有关，比如乡镇卫生院报销比例可达90%，而省三甲医院报销比例可能不到40%，所以在乡镇卫生院手术可能费用只有3000元-5000元。
第五、北京、上海等消费水平较高的地区，手术费用可能达到50000元以上。