胆总管囊肿属于比较大的手术，属于破坏重建手术，需要切除囊状扩张的病变胆管，以预防后期发生癌变的风险，同时要进行相应的胆汁改道。
大部分都需要行胆肠内引流手术，把胆管切除，把肠与肝内胆管接续，此时胆汁将直接进入肠道，没有了壶腹部的开关功能，有可能在后期导致反流性胆管炎，需要定期的复查、随访。如果出现反流性胆管炎，需要长期的口服熊去氧胆酸进行治疗。胆总管囊肿手术相对是风险比较大的手术，后期有可能出现严重的并发症。