抗病毒眼药水有多种，每一种都有不同的适应症和优缺点，并不是说哪一种眼药水一定会更好。常用的抗病毒眼药水，有0.1%的阿昔洛韦滴眼液或者0.15%的更昔洛韦滴眼液，主要用于单纯疱疹病毒感染，尤其对于单纯疱疹病毒1型和2型作用最强。利巴韦林滴眼液属于广谱的抗病毒药物，对于单纯疱疹病毒、流感病毒、腺病毒均有抑制作用，但是过多吸收可能存在骨髓抑制和胎儿毒性。还有一些生物制剂，例如干扰素滴眼液，主要是辅助抗病毒性角膜、结膜炎的治疗，其对正常细胞没有损伤作用，但是可能导致过敏，并且需要冷藏。