肾结石发作的时候，疼痛持续的时间因人而异，差别非常大，有些疼痛只有几秒钟，也有疼痛几小时。即使用了镇痛药物，等药力消退以后，仍然继续疼痛，反复发作，难以忍受。
肾结石的疼痛发作临床上称为肾绞痛，以腰背部为主，向下腰部、下腹部放射，可以放射至会阴及大腿内侧。发作时疼痛如刀绞，可以伴有恶心、呕吐、大汗等，由于结石卡在输尿管当中，引起输尿管痉挛、肾盂压力增高所导致。如果结石比较小，石体比较光滑，可以顺利排出体外，疼痛非常轻微，疼痛持续的时间也短。但是如果结石比较粗糙、体积大，卡在输尿管当中难以下行，输尿管反复蠕动、痉挛，疼痛持续的时间会比较长，甚至除了疼痛药以外，无法自行缓解，就要做体外碎石、急诊手术、双J管置入术，才能够彻底缓解疼痛。如果结石不能够自行排出，疼痛还会间歇发作，但即便为同一个人，发作时疼痛的程度和持续时间也不一样。