多柔比星脂质体最常见的副作用是骨髓抑制，几乎近一半的病人发生。白细胞减少是病人最常见的副作用，也可见贫血和血小板减少。这些反应在治疗早期可见，而且是暂时性。其他发生率较高的副作用有恶心、无力、脱发、发热、腹泻，还有与滴注有关的急性反应和口腔炎等，滴注反应主要有潮红、气短、面部水肿、头痛、寒战、背痛、胸部和喉部收窄感、低血压。
在多数情况下，不良反应发生在第一个疗程，其他不是很常见的副作用，有手掌、足底红斑性感觉迟钝，以及口腔念珠菌病，还有恶心、呕吐、体重下降、皮疹、口腔溃疡、呼吸困难、腹痛，过敏反应包括过敏症、血管扩张、头晕、厌食、舌炎、便秘、感觉异常、视网膜炎和意识模糊。在用药时需要密切注意观察，有任何异常的表现请及时咨询医生。