卵巢囊肿5cm是否需要做手术，应根据病因判断，具体如下：
1、单纯性卵巢囊肿：如果B超明确是单纯性卵巢囊肿为5cm大小，暂时不建议做手术，是以临床观察为主，一般建议2-3个月做一次妇科B超，有可能会自然消失。5cm的卵巢囊性改变，有可能是滤泡囊肿或者是卵巢的黄体囊肿，这是非常常见的一种现象，这属于卵巢的生理性改变，它不需要做手术，大概经过2-3个月可以自行消失。
2、卵巢肿瘤：卵巢囊性肿块5cm，如果在观察的过程当中肿块持续存在，甚至于肿块继续增大，那么就有卵巢肿瘤的可能性，卵巢肿瘤大多为单侧、壁薄、直径<8cm，这样的囊肿一般需要做手术。
3、卵巢巧克力囊肿：这是子宫内膜异位症的一种，巧克力囊肿如果大小达到5cm，为了防止巧克力囊肿破裂，可以采取手术治疗，目的主要是防止它破裂，以免发生巧克力囊肿子宫内膜异位症的种植。