慢性肠胃炎可以吃抗生素、胃黏膜保护剂、肠道益生菌等药物，慢性肠胃炎是由于急性肠炎发作时没有得到良好的治疗，导致疾病慢性发展而引起，一部分慢性肠胃炎是由于消化系统中存在有细菌感染导致，比如幽门螺杆菌感染，应使用抗生素药物将幽门螺杆菌杀灭，病情才可以得到控制。
在幽门螺杆菌的治疗上主要是以抗生素为主，常见的抗生素有阿莫西林、克拉霉素、左氧氟沙星等，并且在选择抗生素时应尽量两种抗生素结合使用，一部分慢性肠胃炎的患者会因为疾病反复发作，而导致肠胃黏膜受损，应当使用胃黏膜保护剂，比如胶体果胶铋胶囊、硫糖铝等。由于疾病的长期发作，因此会影响到患者的肠道正常菌群。对于肠道症状比较严重的患者，可以在生活中注意补充肠道益生菌，常见的肠道益生菌药物有整肠生、培菲康、金双歧等。