大肠埃希菌尿路感染属于比较常见的细菌感染，首选用药是用些常用的广谱抗生素，比如左氧氟沙星、头孢地尼、头孢克肟、阿奇霉素、磷霉素等，这些药物对普通的大肠埃希菌具有治疗作用。不过遇到耐药的大肠埃希菌感染，必须做细菌培养，也就是说久治不愈的大肠埃希菌感染，多数属于耐药菌。
根据细菌培养的结果，耐药的药物就不要使用，不会有很好的治疗效果。根据细菌的抗菌谱选择敏感抗生素，有的时候可能有口服药，有的时候必须是输液治疗。通常下尿路感染或者初次感染，口服药即可，如果是反复的感染或者上尿路感染，通常是静脉用药才能取得良好的控制作用。