由真菌感染引起的龟头炎，一般选择外用药，而不是口服药物治疗，在临床中经常使用的真菌性龟头炎的治疗药物，包括达克宁或环利软膏，这两个药物都具有抗击真菌的作用。除了达克宁或环利软膏以外，平时也可以外洗药物，经常选用的外洗药物包括有皮肤康洗液、复方黄柏液或乳酸依沙吖啶等。
龟头炎好发于包皮过长的患者，但龟头炎治愈以后，建议患者尽早的行包皮环切手术，有利于龟头炎的早日治愈，在治疗龟头炎的过程中，清淡饮食，不吃辛辣刺激类的食物，尤其是海鲜、辣椒等，保持龟头局部的干燥、卫生，有利于龟头炎的早日痊愈。如果患有龟头炎，建议夫妻在同房的过程中，尽量使用安全套，以防交叉感染。