骶管囊肿的形成的机制和原因目前尚无定论。一部分学者认为，炎症是形成骶管囊肿的主要原因。而另一部分学者认为，骶管囊肿形成的主要原因是有外伤史。但目前大部分医生认为硬脊膜先天性缺陷是导致囊肿形成的主要原因，当脑脊液的流体静压增高时，脑脊液便通过硬脊膜的薄弱处。逐渐流向先天性缺陷的憩室内，于是在薄弱处便可以形成了，连接囊袋与蛛网膜下腔的一个小的交通样孔。脑脊液便可以通过这个交通孔进入囊袋而不能流出，会导致囊肿越来越大，产生一系列症状。骶管囊肿根据其内是否有神经根，分为单骶管囊肿和神经根型骶管囊肿两种类型。