扁平苔藓是一种原因不明的炎症性皮肤病，可能与精神、内分泌、自身免疫以及药物因素有关。病程慢性，但是也有自愈的倾向。对于扁平苔藓的治疗，目前还没有特效的疗法。首先是要避免诱因，比如精神放松、治疗原发感染，限制烟、酒和刺激性的食物，局部不要搔抓刺激。对于局限性的小面积扁平苔藓，主要外用药物治疗，比如局部外擦糖皮质激素软膏或者维A酸乳膏。
比较肥厚的皮损还可以向皮损内注射皮质类固醇激素，促进皮损的消退。对于全身泛发的扁平苔藓，瘙痒者可以给予抗组胺药，比如氯雷他定、西替利嗪等治疗。如果处于急性发展期的扁平苔藓，可以口服中小剂量的泼尼松，待症状控制缓解之后逐渐的减量停用。还有些其他药物可以适用于扁平苔藓的治疗，比如羟氯喹、维A酸、雷公藤等，据报道都是有一定疗效的。