对于胃间质瘤病人来说，最积极有效的治疗方式，是进行根治性的手术切除。直径＞2cm的局限性胃间质瘤的病人，可以采用局部或者楔形的切除手术，也可以进行近端或者远端的胃切除手术，甚至需要施行全胃的切除手术。
对于不可手术切除的胃间质瘤，或者在手术之后出现复发、转移的胃间质瘤病人，可以采用靶向药物进行治疗。在临床上，可以用来治疗胃间质瘤的靶向药物，主要是伊马替尼，而在伊马替尼治疗进展之后，也可以采用舒尼替尼进行治疗，在使用靶向治疗药物治疗胃间质瘤的同时要特别关注多肌酶抑制剂所带来的不良反应。