抗结核药需要空腹吃，尤其是利福平，空腹对吸收有好处，所以最好是在饭前半小时吃。在吃利福平时，还会出现尿变红或者是眼泪唾液变红。这种情况都是正常反应，不用特殊处理。利福平有时候还出现肝脏的损伤，如果不严重时可以用一些保肝药，严重的话就需要停用抗结核药了。
其他的抗结核药也会有一些副反应，常见的是胃肠道刺激症状，出现厌食、腹胀等，这种情况如果不严重不需要特殊治疗。但是有一些药物的副反应就比较严重，比如吡嗪酰胺，会影响血尿酸的排泄，使尿酸增高诱发痛风。乙胺丁醇会引起视神经的损伤，造成视力模糊，还有异烟肼会造成末梢神经炎的症状。