肝内胆管结石如果出现疼痛一般会出现在右上腹的位置，因为该位置为肝脏的体表位点，肝内胆管结石最常见的以发热、畏冷、寒战的表现多见，而疼痛以及黄疸的症状较为少见。当肝内胆管结石引起肝内胆道的感染时，会出现胆汁的逆流、细菌感染，此时主要会出现发热，部分的患者也会伴随腹痛以及黄疸的症状。
肝内胆管结石如果反复引起胆道感染的症状时，建议要进一步的手术治疗，因为反复的胆道感染容易造成局部的肝脏萎缩、肝脓肿，甚至严重的情况下在远期有并发肝内胆管癌的风险，所以建议要早期手术治疗，平时饮食也要注意以低脂肪、低胆固醇的食物为主，禁忌烟酒，尽量减少胆道感染发作的概率。