胚胎停止发育的原因是比较多的，首先，胚胎的因素，如果在怀孕早期出现胚胎停止发育，有50%-60%是由于胎儿的染色体发育异常，也是一种自然淘汰的方法，这种胎儿是不会发育成正常孩子的，所以，在怀孕早期就自然流产了。
其次，还有母亲的因素，比如孕妇有全身性疾病，有严重的感染、高热、贫血、肝肾功能不全或者慢性消耗性疾病，还有生殖道发育异常，比如子宫肌瘤、子宫畸形、内分泌异常，就是黄体功能不全，还有甲亢或者甲减、糖尿病，都可能会造成胚胎停止发育。