复方谷氨酰胺肠溶胶囊的疗程与病情有关，一般情况下，创伤或手术病人需遵医嘱服药2周，肠道功能紊乱和非感染性腹泻需服药4周或者4周以上。
复方谷氨酰胺肠溶胶囊主要用于各种原因所导致的急慢性肠道疾病和肠道功能紊乱，比如肠易激综合征、非感染性腹泻、肿瘤引起的肠道功能紊乱、放疗性肠炎等，也可以促进创伤、术后肠道功能恢复等，药物疗程根据不同的疾病、人群来决定，肠道功能紊乱和非感染性腹泻治疗1周后就有明显改善。病程比较长或病情比较重的患者需要滞留4周以上，创伤和手术病人术前3-4天开始服用术后会有较好的疗效，创伤及术后第2天也可以开始服用，具体的用药时间视病情而定，持续服药2周可以改善创伤或手术导致的胃肠道功能紊乱。
当药品性状发生改变时禁止使用，虽未发现本品对妊娠期间及哺乳期间的母子有毒副作用，但仍建议孕妇及哺乳妇女慎用。