安宫牛黄丸具有清热解毒、镇惊开窍的功效，主要用于热病，邪入心包、高热惊厥、神昏谵语、中风、昏迷，以及脑炎、脑膜炎、中毒性脑病、脑出血、败血症等症状。如果使用不当，可能会导致体温过低，也有个别患者会引起过敏反应。安宫牛黄丸是热闭神昏可用，对于寒闭神昏者不得使用。
本品处方中含有麝香，芳香走窜，有损胎气，对于孕妇应慎重使用。在服药期间，饮食要清淡，不要吃辛辣、油腻的食物，以免助火生痰。本品处方中含有朱砂、雄黄，不宜过量久服，肝肾功能不全者应慎重使用。在治疗过程中，如果出现肢寒畏冷、面色苍白、冷汗不止、脉微欲绝，由闭证变为脱症时应立即停药，对于运动员应慎重使用。